（一）管理委员会
实验室合作双方共同成立管理委员会，由实验室联席主任、联席副主任5人共同组成，管理委员会全面负责实验室的主要决策、重大活动、技术研发、人员聘任、财务开支、行政管理等方面的组织领导工作。
（二）智库（顾问）委员会
实验室设立智库（顾问）委员会，作为专家指导机构，负责指导实验室的研究目标、研究方向、发展规划、重大活动。
智库（顾问）委员会设立1名总顾问，委员会成员任职需具备相应职称，包含研究员、教授、高工等，管理委员会邀请的特定领域专家可放宽条件，聘任期一般为3年。
（三）综合办公室（行政管理部门）
l负责内部的财务开支、行政管理、材料起草等；
l负责智库支撑工作、生态合作对接、重大活动组织安排；
l负责实验室重大事项执行的协调与监督；
l负责实验室的展示与宣传；
l完成联席领导处理交办的事务。
（四）科研项目办公室（行政管理部门）
l负责组织科研项目的申请、立项、结项等管理工作；
l负责定期开展科研项目实施过程管理（含质量、进度、风险等）工作；
l负责组织政府科研项目的申报及实施管理等工作；
l负责科研项目的项目档案、知识库等成果管理工作。
（五）产业促进办公室（行政管理部门）
l负责组织科研项目的成果转化工作；
l负责推动政府数字产业化、产业数字化的工作。
（六）科研研究机构
面向数字公民的人权、财权、数权进行技术、法理及产品等研究，设立可信数字身份研究室、数字货币研究室、数据资产研究室三个研究机构。
（七）特定课题组
根据特定研究需要，设立特定科研课题组，用于满足实验室广度研究需要，如数字公民遗产课题组、数字公民双碳课题组等。
